Foi contratado pelo Benfica em 2011 ao Peñarol, é avançado uruguaio, na altura tinha apenas 17 anos, e hoje, lamenta a sua decisão de ter assinado pelo emblema da Luz, considerando que a sua margem de evolução ficou perdida.
Juan San Martín, jogava no Peñarol, e agora alinha por um clube da 2º divisão uruguaia por empréstimo do clube encarnado:
«Agora estou certo de que me arrependi de assinar pelo Benfica tão cedo e não poder continuar no Peñarol. Na altura pensei que era o melhor», explicou o jovem avançado à Imprensa do seu país, onde atua agora por empréstimo das águias no Central Español.
San Martín, representou o Farense na última temporada, também por empréstimo das águias, e esteve integrado no plantel da equipa B benfiquista em 2012/13, onde não chegou a jogar qualquer minuto oficial.